南京中医药大学翰林学院始建于2002年3月，2005年5月被教育部批准为独立学院。为首家进驻中国医药城的全日制本科院校，也是全省高等教育综合改革试点独立学院之一。学院秉承南京中医药大学“治学严谨，继承创新”的优良传统，依托母体大学优质教育资源，注重质量，稳步发展，具有优良的办学条件。

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多年来，学院建设了一支以南京中医药大学教师为骨干，专任教师为基础的专兼结合、高素质、高水平的优秀师资队伍，聘请了在中国医药城工作的全国“千人计划”14位高级专家为特聘教授。学院致力于培养具有国际竞争能力的应用型、复合型、创新型高级人才，积极探索和创新产学研一体化办学模式，狠抓内涵建设，努力提升教学质量，优化师资队伍结构，逐步改善办学条件，不断创新管理体制机制，内部运行规范高效，形成了体现时代特征、医药特色、“校”“城”融合、重应用能力的人才培养格局。