锦州医科大学前身为1946年在吉林省洮南市成立的辽吉军区卫生学校。1949年迁址辽宁省锦州市,1958年成立锦州医学院,2006年更名为辽宁医学院。2007年以优秀的成绩通过国家教育部本科教学工作水平评估。于2016年,经国家教育部批准,正式更名为锦州医科大学。
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学校在经过70余年的发展已成为一所以医学为主,多门类、多层次、多种办学形式的省属普通高等院校。学校1984年成为硕士学位授予权单位,1999年获得具有同等学力人员申请硕士学位授予权资格,2003年经教育部批准开始与中国医科大学联合。